Eskilsø er en ø belligende i Roskilde Fjord. Øen er med sine 1,4 km² den største ø i fjorden. Øen er ejet af Struckmanns Naturfredningsfond.
På Eskilsø ligger ruinerne af Eskilsø Klosters Klosterkirke fra 1100-tallet, mens selve klosteret ikke længere findes.
Eneste bebyggelse på øen er to beboede huse og et par lader. Eskilsø har et rigt fugleliv på de fredede strandenge, og jagt på vandfugle har været forbudt siden 1996.
På øens højeste punkt ligger ruinen af klosterkirken fra Eskilsø Kloster. Klosteret blev grundlagt på øen i 1100-tallet af Augustinermunke.
Det blev allerede nedlagt i 1175 af abbed Vilhelm der i stedet byggede Æbelholt Kloster ved Hillerød. I dag er der stadig mange planter på øen som stammer fra munkenes køkken- og urtehaver, blandt andet uldbladet kongelys, tandbæger, glat burre og bulmeurt.
Man ved ikke præcist hvornår klostret på Eskilsø blev grundlagt, men man mener, det blev oprettet i 1130′ erne som et kannikesamfund.
Nogle mener, det er blevet oprettet af den senere ærkebiskop Eskil, mens han var biskop i Roskilde, men det er og bliver formodninger.
I 1160’erne gik historier om klosterbrødrenes udskejelser. Kanikerne og de gejstlige holdt gilder med deres verdslige venner og veninder i spisesalen. Der blev drukket, sunget og danset kædedanse natten lang, så der har vel næppe været tid til lovsang. Absalon tilkaldte sin ungdomsven og versal Wilhelm fra Paris, for at han skulle lede augustinerklosteret på Eskilsø.
Wilhelm og 5 andre munke blev modtaget af Absalon og kong Valdemar i Ringsted 18. august 1165. Efter et par dage i Ringsted og et par dage i bispegården i Roskilde, drog Wilhelm og de fem munke til Eskilsø. Det gik ikke stille af. Den 25 August 1165 ankom Absalon til Eskilsø, og det blev slået fast, at munkene skulle underkaste sig augustinerordenens strenge regler under Wilhelms ledelse.
Med sig fra Frankrig havde Abbed Wilhelm sit herbarium med frø og planter, og han er således den der indfører havebruget i Norden. Der findes stadig spor efter dette på Æskilsø. Hyld, tandbæger, hundetunge, æselfoder, bulmeurt – og tidligere skal der være fundet skarntyde.
Man prøvede at sætte ild til Abbedens sengeleje, men han brændte ikke inde. Ilden gik ud, måske som et kristent mirakel, måske fordi Wilhelm var sengevæder. En nat blev én af klosterbrødrene hvisket i øret: “Vid, at jeg har været herre over dette sted, og at jeg er alle drankeres og skørlevneres foresatte! Men ved Eders abbeds hidkomst lider jeg vold, og det skal ikke blive til hans gavn. Råd abbeden til at afstå fra, hvad han har begyndt….”
10 år efter Wilhelms ankomst til Eskilsø flyttede han klostret til Æbelholdt, og overlod den daglige drift af ladegården til en klosterbroder. Resterne af klosterkirken findes i dag på det højeste punkt på den nordlige ende af øen, og selve klostret har ligget lige syd for kirkeruinen.